Comparison of Francisella tularensis genomes reveals evolutionary events associated with the emergence of human pathogenic strains
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Francisella tularensis subspecies tularensis and holarctica are pathogenic to humans, whereas the two other subspecies, novicida and mediasiatica, rarely cause disease. To uncover the factors that allow subspecies tularensis and holarctica to be pathogenic to humans, we compared their genome sequences with the genome sequence of Francisella tularensis subspecies novicida U112, which is nonpathogenic to humans. RESULTS: Comparison of the genomes of human pathogenic Francisella strains with the genome of U112 identifies genes specific to the human pathogenic strains and reveals pseudogenes that previously were unidentified. In addition, this analysis provides a coarse chronology of the evolutionary events that took place during the emergence of the human pathogenic strains. Genomic rearrangements at the level of insertion sequences (IS elements), point mutations, and small indels took place in the human pathogenic strains during and after differentiation from the nonpathogenic strain, resulting in gene inactivation. CONCLUSION: The chronology of events suggests a substantial role for genetic drift in the formation of pseudogenes in Francisella genomes. Mutations that occurred early in the evolution, however, might have been fixed in the population either because of evolutionary bottlenecks or because they were pathoadaptive (beneficial in the context of infection). Because the structure of Francisella genomes is similar to that of the genomes of other emerging or highly pathogenic bacteria, this evolutionary scenario may be shared by pathogens from other species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».