Crystal structure of the SOCS2–elongin C–elongin B complex defines a prototypical SOCS box ubiquitin ligase
Notice bibliographique
Résumé
Growth hormone (GH) signaling is tightly controlled by ubiquitination of GH receptors, phosphorylation levels, and accessibility of binding sites for downstream signaling partners. Members of the suppressors of cytokine signaling (SOCS) family function as key regulators at all levels of this pathway, and mouse knockout studies implicate SOCS2 as the primary suppressor. To elucidate the structural basis for SOCS2 function, we determined the 1.9-A crystal structure of the ternary complex of SOCS2 with elongin C and elongin B. The structure defines a prototypical SOCS box ubiquitin ligase with a Src homology 2 (SH2) domain as a substrate recognition motif. Overall, the SOCS box and SH2 domain show a conserved spatial domain arrangement with the BC box and substrate recognition domain of the von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor protein, suggesting a common mechanism of ubiquitination in these cullin-dependent E3 ligases. The SOCS box binds elongin BC in a similar fashion to the VHL BC box and shows extended structural conservation with the F box of the Skp2 ubiquitin ligase. A previously unrecognized feature of the SOCS box is revealed with the burial of the C terminus, which packs together with the N-terminal extended SH2 subdomain to create a stable interface between the SOCS box and SH2 domain. This domain organization is conserved in SOCS1-3 and CIS1, which share a strictly conserved length of their C termini, but not in SOCS4, 5, and 7, which have extended C termini defining two distinct classes of inter- and intramolecular SOCS box interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».