Global analysis of alternative splicing differences between humans and chimpanzees
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Notice bibliographique
Résumé
Alternative splicing is a powerful mechanism affording extensive proteomic and regulatory diversity from a limited repertoire of genes. However, the extent to which alternative splicing has contributed to the evolution of primate species-specific characteristics has not been assessed previously. Using comparative genomics and quantitative microarray profiling, we performed the first global analysis of alternative splicing differences between humans and chimpanzees. Surprisingly, 6%-8% of profiled orthologous exons display pronounced splicing level differences in the corresponding tissues from the two species. Little overlap is observed between the genes associated with alternative splicing differences and the genes that display steady-state transcript level differences, indicating that these layers of regulation have evolved rapidly to affect distinct subsets of genes in humans and chimpanzees. The alternative splicing differences we detected are predicted to affect diverse functions including gene expression, signal transduction, cell death, immune defense, and susceptibility to diseases. Differences in expression at the protein level of the major splice variant of Glutathione S-transferase omega-2 (GSTO2), which functions in the protection against oxidative stress and is associated with human aging-related diseases, suggests that this enzyme is less active in human cells compared with chimpanzee cells. The results of this study thus support an important role for alternative splicing in establishing differences between humans and chimpanzees.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle