Genome-Based Reconstruction of the Protein Import Machinery in the Secondary Plastid of a Chlorarachniophyte Alga
Notice bibliographique
Résumé
Most plastid proteins are encoded by their nuclear genomes and need to be targeted across multiple envelope membranes. In vascular plants, the translocons at the outer and inner envelope membranes of chloroplasts (TOC and TIC, respectively) facilitate transport across the two plastid membranes. In contrast, several algal groups harbor more complex plastids, the so-called secondary plastids, which are surrounded by three or four membranes, but the plastid protein import machinery (in particular, how proteins cross the membrane corresponding to the secondary endosymbiont plasma membrane) remains unexplored in many of these algae. To reconstruct the putative protein import machinery of a secondary plastid, we used the chlorarachniophyte alga Bigelowiella natans, whose plastid is bounded by four membranes and still possesses a relict nucleus of a green algal endosymbiont (the nucleomorph) in the intermembrane space. We identified nine homologs of plant-like TOC/TIC components in the recently sequenced B. natans nuclear genome, adding to the two that remain in the nucleomorph genome (B. natans TOC75 [BnTOC75] and BnTIC20). All of these proteins were predicted to be localized to the plastid and might function in the inner two membranes. We also show that the homologs of a protein, Der1, that is known to mediate transport across the second membrane in the several lineages with secondary plastids of red algal origin is not associated with plastid protein targeting in B. natans. How plastid proteins cross this membrane remains a mystery, but it is clear that the protein transport machinery of chlorarachniophyte plastids differs from that of red algal secondary plastids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».