Gene Expression Patterns in Functionally Different Cochlear Compartments of the Newborn Rat
Notice bibliographique
Résumé
In an experimental model of organotypic cultures of the stria vascularis (SV), the organ of Corti (OC) and the modiolus (MOD), we compared the expression levels and injury/hypoxia induced response of 36 genes associated with the cells´ energy-producing and energy-consuming processes, using the microarray technique. A decrease of expression was observed for most of the voltage-dependent K+- and Ca++- channels as an effective mechanism to lower energetic demands. We identified two gene networks of transcripts that are differentially expressed across the three regions. One cluster is associated with the transcription factor hypoxia-inducing factor (Hif-1a) and the second one with the caspase and calpain cell death genes Casp3, Capn1, Capn2 and Capns1. The Hif-1a gene subset consists of genes belonging to the glucose metabolism (glucose transporter Slc2a1, glycolytic enzymes Gapdh, Hk1 and Eno2), the Na+/K+ homeostasis (ATPase Atp1a1) and the glutamate pathway (NMDA receptor associated protein 1 Grina, glutamate transporter Slc1a1, Slc1a3). The Slc2a1, Gapdh, Hk1, Slc1a3, Grina and Atp1a1 transcripts are also members of the cell death subset indicating a role they have to play in the differential regional cell death rates. The newly identified genes Grina and calnexin (Canx) may play specific and yet unknown roles in regulating cell death induced by injury and hypoxia in the inner ear. We assume that the differential regional response occurs on the basis of endogenous gene regulatory mechanisms and may be important to maintaining the cochlea’s function following damage from trauma and hypoxia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».