Internal Control for Nucleic Acid Testing Based on the Use of Purified <i>Bacillus atrophaeus</i> subsp. <i>globigii</i> Spores
Notice bibliographique
Résumé
Commonly used internal controls (ICs) to monitor the efficiency of nucleic acid testing (NAT) assays do not allow verification of nucleic acid extraction efficiency. Since microbial cells are often difficult to lyse, it is important to ensure that nucleic acids are efficiently extracted from any target organism. For this purpose, we developed a cellular IC based on the use of nonpathogenic Bacillus spores. Purified Bacillus atrophaeus subsp. globigii (referred to hereafter as simply B. atrophaeus) spores were added to vaginal and anal samples, which were then subjected to rapid DNA extraction and subsequent PCR amplification. The proof of concept of this cellular IC was made through the use of both manual and automated DNA extraction methods, using vaginal or anal samples spiked with B. atrophaeus spores, combined with a multiplex real-time PCR assay for the specific detection of group B streptococci (GBS) and B. atrophaeus. The performance of the cellular IC was compared to that of a standard IC plasmid added to PCRs. Approximately 500 B. atrophaeus spores per PCR was found to be optimal since this did not interfere significantly with GBS detection for either DNA extraction method and yielded reproducible amplification and/or detection of B. atrophaeus genomic DNA serving as an IC template. Performance of the cellular IC was comparable to that of the standard IC. This novel IC system using nonpathogenic and hard-to-lyse B. atrophaeus spores allowed validation of both the DNA extraction procedure and the amplification and detection process. Use of a spore-based control also provides a universal control for microbial cell lysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».