Identification of Immunogenic HLA-B*27:05 Binding Peptides of Salmonella Outer Membrane Protein in Patients with Reactive Arthritis and Undifferentiated Spondyloarthropathy
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Salmonella outer membrane proteins (OMP) are major immunogenic targets to synovial fluid lymphocytes of patients with reactive arthritis (ReA)/undifferentiated spondyloarthropathy (uSpA). Because these patients have genetic predisposition to HLA-B*27 and its subtype HLA-B*27:05, we sought to identify immunogenic HLA-B*27:05-binding salmonella OMP peptides in patients with ReA/uSpA. METHODS: A total of 125 HLA-B*27:05-binding salmonella OMP peptides identified using ProPred-I software were synthesized and grouped in 23 pools. The peptide pools, along with crude enteric bacterial lysates and salmonella OMP, were cultured with synovial fluid (SF) or peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from 23 patients with ReA/uSpA, 10 with rheumatoid arthritis (RA), and 10 healthy individuals in 96-well culture plates. Proliferation was measured by tritiated thymidine uptake and interferon-γ (IFN-γ) levels in culture supernatant. Individual peptides from pools having significant responses were retested with cryopreserved cells. Immunogenic peptides thus identified were further tested in 5 additional new patients with ReA/uSpA by flow cytometry. A Basic Local Alignment Search Tool program was used to search for similar peptides from a protein bank of arthritogenic bacteria and human protein. RESULTS: Nineteen of 23 SFMC from ReA/uSpA showed a significant proliferative response to salmonella OMP, with minimal response of PBMC (1/10) from ReA/uSpA, SFMC from RA (1/10), or PBMC from controls (1/10). Nine salmonella OMP peptides, QRAEMLPTL, SRSGLNIAL, LRFLYAKSL, RLEGTWVKL, ARCIAPYAL, KLFLTTAAL, YRNSDFFGL, QRPAVRVKL, and YRVGPGDVL, were identified. Response to QRAEMLPTL was seen in 6/7 HLA-B*27:05-positive patients. All immunogenic peptides had sequence similarity with peptides from arthritogenic bacterial proteins, while 5 had similarity with peptides from human proteins. CONCLUSION: Nine novel immunogenic OMP peptides binding to HLA-B*27:05 were identified that showed sequence similarity with other arthritogenic bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».