<i>Cortinarius</i> species diversity in British Columbia and molecular phylogenetic comparison with European specimen sequences
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Throughout the world, the diversity of fungi remains poorly characterized and Cortinarius is a classical example of a difficult, species-rich, and under-researched mushroom genus. Here, we sequenced and analyzed ribosomal internal transcribed spacer (ITS) sequence barcodes from herbarium specimens to improve understanding of Cortinarius species diversity in British Columbia (B.C.), Canada. Starting with 962 specimen sequences, 617 from B.C. herbaria, we present a maximum likelihood tree showing 179 putative Cortinarius species in British Columbia. As a working definition, we considered a “species” to be a monophyletic clade that included a reliably identified reference sequence, with a maximum of 3% ITS sequence variation. If no reference sequence was available, “species” were groups sharing 97% or more sequence identity. By these criteria, 110 putative B.C. species matched European species and 12 B.C. species matched species exclusively found in the Americas. Of the 56 B.C. species that did not match an identified reference sequence, some may be new to science, while others likely represent described species without available sequences. By depositing sequences from B.C. specimens into GenBank and BOLD, and by providing our alignment to TreeBASE, we have supplied the resources necessary to improve accuracy in identifications of Cortinarius in future systematic and ecological studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle