Hypothesis-free analysis of ATG16L1 demonstrates gene-wide extent of association with Crohn's disease susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
We read with interest the recent paper by Plantinga et al showing a role for the threonine to alanine (T300A)-variant of ATG16L1 in regulating the expression of ATG16L1 and cytokine production in response to a NOD2-ligand.1 ATG16L1 , notably T300A (rs2241880) in exon 9, was first implicated in Crohn's disease (CD) susceptibility in a non-synonymous single nucleotide polymorphism (SNP) study, followed by a tagging SNP study and regression analysis.2 These authors were unable to demonstrate differences in ATG16L1 expression based on T300A-genotype or intestinal inflammation. ATG16L1 consists of a N-terminal Atg5-interacting domain, a coiled-coil domain (involved in self-dimerisation, containing the T300A variant) and seven WD-domains (putatively interacting with NOD2) at the C-terminus. In ATG16L1-deficient and hypomorphic mice, canonical and bacteria-induced autophagy, Paneth-cell homeostasis and interleukin-1β secretion were dependent on ATG16L1.3 ,4 By contrast, studies focusing on T300A have shown conflicting results.1 , …
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».