Translation regulation of integrons gene cassette expression by the <i>attC</i> sites
Notice bibliographique
Résumé
Integron are genetic elements able to carry, capture and shuffle the genes embedded in gene cassettes. The attC recombination sites adopt a stable secondary structure when single-stranded that is necessary for their recombination. In this study, we evaluated the impact of the structure of the attC site on expression of the 3' gene in class 1 integrons. This was analysed by substituting the attC of the bla(IMP-8) gene cassette with various mutated attC sites spanning a wide range of sizes and secondary structures, and measuring the integron-dependent translation of the 3'aac(6')-Ib7 gene. In the resulting constructs, the 5'-attC site differentially affected the expression of the aac(6')-Ib7 gene. Contrary to what was expected from their proposed role as Rho-independent transcription terminators, the transcription of the aac(6')-Ib7 gene was not affected by the various attC sites. Mutations of natural sites revealed that destabilization of the potential stem-loop structure of the attC site in the transcript could enhance the expression of the 3' gene. In particular, the presence of a translated open reading frame was shown to increase translation of the 3' gene. These findings might be explained by the capacity of the stem-loop structures to impede ribosome progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».