“ChopNSpice,” a Mass Spectrometric Approach That Allows Identification of Endogenous Small Ubiquitin-like Modifier-conjugated Peptides
Notice bibliographique
Résumé
Conjugation of small ubiquitin-like modifier (SUMO) to substrates is involved in a large number of cellular processes. Typically, SUMO is conjugated to lysine residues within a SUMO consensus site; however, an increasing number of proteins are sumoylated on non-consensus sites. To appreciate the functional consequences of sumoylation, the identification of SUMO attachment sites is of critical importance. Discovery of SUMO acceptor sites is usually performed by a laborious mutagenesis approach or using MS. In MS, identification of SUMO acceptor sites in higher eukaryotes is hampered by the large tryptic fragments of SUMO1 and SUMO2/3. MS search engines in combination with known databases lack the possibility to search MSMS spectra for larger modifications, such as sumoylation. Therefore, we developed a simple and straightforward database search tool ("ChopNSpice") that successfully allows identification of SUMO acceptor sites from proteins sumoylated in vivo and in vitro. By applying this approach we identified SUMO acceptor sites in, among others, endogenous SUMO1, SUMO2, RanBP2, and Ubc9.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».