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Enregistrement W2104218502 · doi:10.1373/clinchem.2013.205450

MicroRNA Signature Helps Distinguish Early from Late Biochemical Failure in Prostate Cancer

2013· article· en· W2104218502 sur OpenAlexaff
Zsuzsanna Lichner, Annika Fendler, Carol Saleh, Aurfan Nasser, Dina Boles, Sahar Al‐Haddad, Peter Kupchak, Moyez Dharsee, Paulo S Nuin, Kenneth Evans, Klaus Jung, Carsten Stephan, Neil Fleshner, George M. Yousef

Notice bibliographique

RevueClinical Chemistry · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicroRNA in disease regulation
Établissements canadiensUniversity Health NetworkUniversity of TorontoSt. Michael's Hospital
Organismes subventionnairesProstate Cancer UKMovember Foundation
Mots-clésProstate cancermicroRNASignature (topology)Computational biologyCancerOncologyBiologyMedicineInternal medicineGeneGeneticsMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Prostate-specific antigen testing has led to overtreatment of prostate cancer (PCa). Only a small subset of PCa patients will have an aggressive disease that requires intensive therapy, and there is currently no biomarker to predict disease aggressiveness at the time of surgery. MicroRNAs (miRNAs) are reported to be involved in PCa pathogenesis. METHODS: This study involved 105 participants. For the discovery phase, prostatectomy samples were dichotomized to high-risk (n = 27, biochemical failure <36 months after prostatectomy) and low-risk groups (n = 14, ≥ 36 months without biochemical failure). Expression of 754 mature miRNAs was compared between the 2 groups. Linear regression models were built to accurately predict biochemical failure risk. miRNA mimics were transfected into PCa model cell lines to test effects on proliferation and to deduce responding signaling pathways. RESULTS: We identified 25 differentially expressed miRNAs between the biochemical failure risk groups. Based on the expression of 2-3 miRNAs, 3 logistic regression models were developed, each with a high positive predictive value. Candidate miRNAs and the best-performing model were also verified on an independent PCa set. miRNA-152, featured in the models, was further investigated by using cell line models and was shown to affect cell proliferation. Predicted interaction between miR-152 and (mRNA)ERBB3 (erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 3) was experimentally validated in vitro. CONCLUSIONS: miRNAs can help to predict biochemical failure risk at the time of prostatectomy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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