A synonymous change, p.Gly16Gly in MECP2 Exon 1, causes a cryptic splice event in a Rett syndrome patient
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mutations in MECP2 are the main cause of Rett Syndrome. To date, no pathogenic synonymous MECP2 mutation has yet been identified. Here, we investigated a de novo synonymous variant c.48C>T (p.Gly16Gly) identified in a girl presenting with a typical RTT phenotype. METHODS: In silico analyses to predict the effects of sequence variation on mRNA splicing were employed, followed by sequencing and quantification of lymphocyte mRNAs from the subject for splice variants MECP2_E1 and MECP2_E2. RESULTS: Analysis of mRNA confirmed predictions that this synonymous mutation activates a splice-donor site at an early position in exon 1, leading to a deletion (r.[=, 48_63del]), codon frameshift and premature stop codon (p.Glu17Lysfs*16) for MECP2_E1. For MECP2_E2, the same premature splice site is used, but as this is located in the 5'untranslated region, no effect on the amino acid sequence is predicted. Quantitative analysis that specifically measured this cryptic splice variant also revealed a significant decrease in the quantity of the correct MECP2_E1 transcript, which indicates that this is the etiologically significant mutation in this patient. CONCLUSION: These findings suggest that synonymous variants of MECP2 as well as other known disease genes-and de novo variants in particular- should be re-evaluated for potential effects on splicing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».