A fast and flexible approach to oligonucleotide probe design for genomes and gene families
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: With hundreds of completely sequenced microbial genomes available, and advancements in DNA microarray technology, the detection of genes in microbial communities consisting of hundreds of thousands of sequences may be possible. The existing strategies developed for DNA probe design, geared toward identifying specific sequences, are not suitable due to the lack of coverage, flexibility and efficiency necessary for applications in metagenomics. METHODS: ProDesign is a tool developed for the selection of oligonucleotide probes to detect members of gene families present in environmental samples. Gene family-specific probe sequences are generated based on specific and shared words, which are found with the spaced seed hashing algorithm. To detect more sequences, those sharing some common words are re-clustered into new families, then probes specific for the new families are generated. RESULTS: The program is very flexible in that it can be used for designing probes for detecting many genes families simultaneously and specifically in one or more genomes. Neither the length nor the melting temperature of the probes needs to be predefined. We have found that ProDesign provides more flexibility, coverage and speed than other software programs used in the selection of probes for genomic and gene family arrays. AVAILABILITY: ProDesign is licensed free of charge to academic users. ProDesign and Supplementary Material can be obtained by contacting the authors. A web server for ProDesign is available at http://www.uhnresearch.ca/labs/tillier/ProDesign/ProDesign.html. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».