Glycine Amino Acid Transport inside the Nanopores of Lysozyme Protein Crystal
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Abstract Transport of glycine amino acid molecules inside the fully hydrated nanopores of a lysozyme protein crystal was investigated using molecular dynamics (MD) simulations. Mean square displacement (MSD) analysis of glycine molecules suggested that there are different regimes during glycine transport inside the lysozyme nanopores. Glycine molecules undergo a diffusive behavior along the main pore of the protein crystal with the self-diffusion coefficient of about 1.98 × 10−13 m2 s−1, four orders of magnitude less than that in pure water. This observation is in good agreement with available experimental data. Moreover, analyses based on density and radial distribution functions (RDFs) showed that most interactions of glycine molecules with lysozyme take place on LYS96, ARG14, and ASP87 residues. These interactions are the result of hydrogen-bonding interactions between both amino and carboxylic groups of glycine molecules and active sites of protein residues. These interactions change the effective pore size of the lysozyme crystal.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle