PhyloBayes 3: a Bayesian software package for phylogenetic reconstruction and molecular dating

2009· article· en· 1 351 citations· W2104398544 sur OpenAlex· 10.1093/bioinformatics/btp368

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,008

Tête enseignante GPT0,227

Écart entre enseignants: 0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Abstract Motivation: A variety of probabilistic models describing the evolution of DNA or protein sequences have been proposed for phylogenetic reconstruction or for molecular dating. However, there still lacks a common implementation allowing one to freely combine these independent features, so as to test their ability to jointly improve phylogenetic and dating accuracy. Results: We propose a software package, PhyloBayes 3, which can be used for conducting Bayesian phylogenetic reconstruction and molecular dating analyses, using a large variety of amino acid replacement and nucleotide substitution models, including empirical mixtures or non-parametric models, as well as alternative clock relaxation processes. Availability: PhyloBayes is freely available from our web site http://www.phylobayes.org. It works under Linux, Mac OsX and Windows operating systems. Contact: nicolas.lartillot@umontreal.ca Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

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La notice

Revue: Bioinformatics
Thématique: Genomics and Phylogenetic Studies
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: Université de Montréal
Organismes subventionnaires: Université de MontréalAgence Nationale de la Recherche
Mots-clés: Phylogenetic treeBayesian probabilityVariety (cybernetics)Molecular clockProbabilistic logicComputer scienceSoftwareSoftware packageComputational biologyPhylogeneticsParametric statisticsEvolutionary biologyBiologyData miningArtificial intelligenceGeneticsMathematicsStatisticsProgramming languageGene
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2104398544