Comparative functional characterization of the CSR-1 22G-RNA pathway in Caenorhabditis nematodes
Notice bibliographique
Résumé
As a champion of small RNA research for two decades, Caenorhabditis elegans has revealed the essential Argonaute CSR-1 to play key nuclear roles in modulating chromatin, chromosome segregation and germline gene expression via 22G-small RNAs. Despite CSR-1 being preserved among diverse nematodes, the conservation and divergence in function of the targets of small RNA pathways remains poorly resolved. Here we apply comparative functional genomic analysis between C. elegans and Caenorhabditis briggsae to characterize the CSR-1 pathway, its targets and their evolution. C. briggsae CSR-1-associated small RNAs that we identified by immunoprecipitation-small RNA sequencing overlap with 22G-RNAs depleted in cbr-csr-1 RNAi-treated worms. By comparing 22G-RNAs and target genes between species, we defined a set of CSR-1 target genes with conserved germline expression, enrichment in operons and more slowly evolving coding sequences than other genes, along with a small group of evolutionarily labile targets. We demonstrate that the association of CSR-1 with chromatin is preserved, and show that depletion of cbr-csr-1 leads to chromosome segregation defects and embryonic lethality. This first comparative characterization of a small RNA pathway in Caenorhabditis establishes a conserved nuclear role for CSR-1 and highlights its key role in germline gene regulation across multiple animal species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».