Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of p24, a component of the potato nuclear factor PBF-2
Notice bibliographique
Résumé
The Solanum tuberosum (potato) nuclear factor PBF-2 is implicated in pathogen-induced expression of the pathogenesis-related gene PR-10a. Crystals of the DNA-binding component of PBF-2, p24, have been obtained at 277 K in 20 mM Tris-HCl pH 8.0. Recombinant protein with a His tag at its C-terminus was overexpressed in Escherichia coli in the presence and absence of selenomethionine and was purified using a combination of HiTrap affinity columns and gel-filtration chromatography. Crystals suitable for structural analysis were obtained for both native and selenomethionine-labelled proteins and yielded diffraction data at 100 K that were processed to 2.3 and 2.8 A resolution, respectively. The p24 protein crystals belong to space group P2(1)2(1)2(1), with unit-cell parameters a = 69.4 (69.1), b = 89.4 (90.5), c = 144.1 (144.3) A. The asymmetric unit contains four protomers, giving a crystal volume per protein mass (V(M)) of 2.23 A(3) Da(-1) and a solvent content of 45% by volume.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».