Site-specific contributions to the pH dependence of protein stability
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Understanding protein stability is a significant challenge requiring characterization of interactions within both folded and unfolded states. Of these, electrostatic interactions influence ionization equilibria of acidic and basic groups and diversify their pK(a) values. The pH dependence of the thermodynamic stability (Delta G(FU)) of a protein arises as a consequence of differential pK(a) values between folded and unfolded states. Previous attempts to calculate pH-dependent contributions to stability have been limited by the lack of experimental unfolded state pK(a) values. Using recently developed NMR spectroscopic methods, we have determined residue-specific pK(a) values for a thermodynamically unstable Src homology 3 domain in both states, enabling the calculation of the pH dependence of stability based on simple analytical expressions. The calculated pH stability profile obtained agrees very well with experiment, unlike profiles derived from two current models of electrostatic interactions within unfolded states. Most importantly, per-residue contributions to the pH dependence of Delta G(FU) derived from the data provide insights into specific electrostatic interactions in both the folded and unfolded states and their roles in protein stability. These interactions include a hydrogen bond between the Asp-8 side-chain and the Lys-21 backbone amide group in the folded state, which represents a highly conserved interaction in Src homology 3 domains.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle