The repetitive component of the sunflower genome as shown by different procedures for assembling next generation sequencing reads
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Next generation sequencing provides a powerful tool to study genome structure in species whose genomes are far from being completely sequenced. In this work we describe and compare different computational approaches to evaluate the repetitive component of the genome of sunflower, by using medium/low coverage Illumina or 454 libraries. RESULTS: By varying sequencing technology (Illumina or 454), coverage (0.55 x-1.25 x), assemblers and assembly procedures, six different genomic databases were produced. The annotation of these databases showed that they were composed of different proportions of repetitive DNA families. The final assembly of the sequences belonging to the six databases produced a whole genome set of 283,800 contigs. The redundancy of each contig was estimated by mapping the whole genome set with a large Illumina read set and measuring the number of matched Illumina reads. The repetitive component amounted to 81% of the sunflower genome, that is composed mainly of numerous families of Gypsy and Copia retrotransposons. Also many families of non autonomous retrotransposons and DNA transposons (especially of the Helitron superfamily) were identified. CONCLUSIONS: The results substantially matched those previously obtained by using a Sanger-sequenced shotgun library and a standard 454 whole-genome-shotgun approach, indicating the reliability of the proposed procedures also for other species. The repetitive sequences were collected to produce a database, SUNREP, that will be useful for the annotation of the sunflower genome sequence and for studying the genome evolution in dicotyledons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».