Effects of the Paf1 Complex and Histone Modifications on snoRNA 3′-End Formation Reveal Broad and Locus-Specific Regulation
Notice bibliographique
Résumé
Across diverse eukaryotes, the Paf1 complex (Paf1C) plays critical roles in RNA polymerase II transcription elongation and regulation of histone modifications. Beyond these roles, the human and Saccharomyces cerevisiae Paf1 complexes also interact with RNA 3'-end processing components to affect transcript 3'-end formation. Specifically, the Saccharomyces cerevisiae Paf1C functions with the RNA binding proteins Nrd1 and Nab3 to regulate the termination of at least two small nucleolar RNAs (snoRNAs). To determine how Paf1C-dependent functions regulate snoRNA formation, we used high-density tiling arrays to analyze transcripts in paf1Δ cells and uncover new snoRNA targets of Paf1. Detailed examination of Paf1-regulated snoRNA genes revealed locus-specific requirements for Paf1-dependent posttranslational histone modifications. We also discovered roles for the transcriptional regulators Bur1-Bur2, Rad6, and Set2 in snoRNA 3'-end formation. Surprisingly, at some snoRNAs, this function of Rad6 appears to be primarily independent of its role in histone H2B monoubiquitylation. Cumulatively, our work reveals a broad requirement for the Paf1C in snoRNA 3'-end formation in S. cerevisiae, implicates the participation of transcriptional proteins and histone modifications in this process, and suggests that the Paf1C contributes to the fine tuning of nuanced levels of regulation that exist at individual loci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».