Quantification of mitochondrial toxicity in HIV‐infected individuals by quantitative PCR compared to flow cytometry
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Non-invasive diagnostic assays to evaluate mitochondrial toxicity could have significant clinical utility for HIV-infected individuals on antiretroviral therapy (ART). METHODS: This study compared the ratio of mitochondrial to nuclear DNA determined by quantitative polymerase chain reaction (qPCR) to the ratio of mitochondrial to nuclear-encoded proteins by flow cytometry, in peripheral blood mononuclear cells from 73 HIV-infected individuals with and without risk factors for mitochondrial toxicity. RESULTS: PCR detected similar mitochondrial/nuclear DNA in HIV-infected individuals without a history of ART, and those receiving ART with lipodystrophy, lipoatrophy, or a history of suspected lactic acidosis. However, the ratio was significantly greater in ART-untreated compared to those receiving either stavudine or didanosine. In contrast, flow cytometry did not detect any differences in mitochondrial/nuclear protein (Lin et al., Cytometry B 2009;76B:181-190). There was no correlation between the assays (rho = -0.05, P = 0.65). CONCLUSIONS: Assessment of the mitochondrial/nuclear DNA ratio by qPCR performed better than the mitochondrial/nuclear-encoded protein ratio by flow cytometry to detect adverse effects of nucleoside analogs on mitochondria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».