Utility of Specimens Positive for Neisseria gonorrhoeae by the Aptima Combo 2 Assay for Assessment of Strain Diversity and Antibiotic Resistance
Notice bibliographique
Résumé
In our jurisdiction, the Aptima Combo 2 assay (Gen-Probe, Inc.) is used to detect Neisseria gonorrhoeae from specimens collected at clinics for sexually transmitted infections (STI) and from select community patients. In addition, swabs are also collected for N. gonorrhoeae culture, susceptibility testing, and sequence typing (ST). Since only a small proportion of samples from provincial cases undergo culture, the available trends in antimicrobial susceptibility and predominant strain types may not be representative of all N. gonorrhoeae infections. Due to the limitations facing the use of N. gonorrhoeae culture to understand these trends in the general community, we performed a molecular analysis for markers of cephalosporin resistance and ST determination by using nucleic acid extracts of specimens sent for Aptima testing. Thirty-four samples submitted for both Aptima testing and N. gonorrhoeae culture from the same anatomic location (within 24 h) were included in the study. Sequence type was determined based on the sequence of the por and tbpB genes, and amino acid changes in the PBP 2 protein, encoded by the penA gene, were considered representative for the assessment of antimicrobial susceptibility. Sequence identity of 100% was observed between the sequences obtained from Aptima-analyzed samples and culture samples. Sequencing results showed an association between decreased susceptibility to extended-spectrum cephalosporins (ESC(ds)), tbp allele 110, ST 1407, and amino acid changes (G545S, I312M, and V316T) in the PBP 2 protein. Our data, generated based on a few representative genes, suggest that gonococcal samples positive by Aptima testing can be used to determine single nucleotide polymorphisms associated with ESC(ds) and the sequence type based on molecular strain typing. Confirmation of these findings may obviate the need for gonorrhea culture in the future.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».