Phage 3396 from a <i>Streptococcus dysgalactiae</i> subsp. <i>equisimilis</i> Pathovar May Have Its Origins in <i>Streptococcus pyogenes</i>
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis strains (group G streptococcus [GGS]) are largely defined as commensal organisms, which are closely related to the well-defined human pathogen, the group A streptococcus (GAS). While lateral gene transfers are emerging as a common theme in these species, little is known about the mechanisms and role of these transfers and their effect on the population structure of streptococci in nature. It is now becoming evident that bacteriophages are major contributors to the genotypic diversity of GAS and, consequently, are pivotal to the GAS strain structure. Furthermore, bacteriophages are strongly associated with altering the pathogenic potential of GAS. In contrast, little is know about phages from GGS and their role in the population dynamics of GGS. In this study we report the first complete genome sequence of a GGS phage, Phi3396. Exhibiting high homology to the GAS phage Phi315.1, the chimeric nature of Phi3396 is unraveled to reveal evidence of extensive ongoing genetic diversity and dissemination of streptococcal phages in nature. Furthermore, we expand on our recent findings to identify inducible Phi3396 homologues in GAS from a region of endemicity for GAS and GGS infection. Together, these findings provide new insights into not only the population structure of GGS but also the overall population structure of the streptococcal genus and the emergence of pathogenic variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».