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Enregistrement W2105376545 · doi:10.1101/sqb.2003.68.431

Harvesting the Genome's Bounty: Integrative Genomics

2003· review· en· W2105376545 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology · 2003
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenomeComputational biologyBiologyHuman genomeGeneticsGenomicsGeneGenome projectFunction (biology)Functional genomicsSaccharomyces cerevisiaeGene prediction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this post-genomic era, we face the daunting challengeof assigning function to tens of thousands of uncharacterized open reading frames. Furthermore, the physical andfunctional connections between gene products must beelucidated if we are to understand how the linear DNA sequence encodes dynamic cellular function. An unexpectedresult of the Human Genome Project is the low number ofpredicted human genes, roughly fivefold more than in single-celled yeasts and approximately double that in flies orworms (Lander et al. 2001; Venter et al. 2001). Increasedconnectivity between this relatively constant number ofgenes may underlie the massive increase in system-levelcomplexity that distinguishes yeast from humans.Genome-wide approaches to discovery of gene functionnow include systematic analysis of genetic interactions,protein interactions, genome-wide expression profiles, andmutant phenotypes. More than any single approach, eachof which is subject to caveats in interpretation and reproducibility, the intersection of orthogonal genome-scaledata sets provides a robust means to interrogate gene function. Here, we summarize advanced genome-scale methods for biological discovery in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, many of which will be transportable tointerrogation of human gene function...

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,997
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle