Molecular detection of the G(-248)A BAX promoter nucleotide change in B cell chronic lymphocytic leukaemia
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A novel single nucleotide polymorphism (SNP), G(-248)A, in the 5' untranslated region of the BAX promoter and its association with reduced protein expression, progression beyond Rai stage 0, and treatment resistance in chronic lymphocytic leukaemia (CLL) has been reported previously. AIM: To develop a restriction enzyme analysis (REA) based method for routine detection of BAX promoter SNP in a clinical laboratory. METHODS: The BAX promoter was analysed in duplicate by REA and sequencing in 90 samples (from 45 patients with CLL, 43 controls, and two cell lines). The promoter region was amplified, digested with restriction endonucleases (Aci I and Tau I), and separated by gel electrophoresis. RESULTS: After digestion, the normal GG genotype samples produced three distinct bands. The homozygous AA replacement abolished the cleavage site, resulting in a single band. Although the heterozygous samples produced three bands, the two smaller visible bands were reduced in intensity (> 50%). The test characteristics of Aci I REA were better than those of Tau I REA, in terms of sensitivity (100% v 77.8%), specificity (98.6% v 92.3%), positive predictive value (95.03% v 87.4%), and negative predictive value (100% v 85.83%). CONCLUSIONS: REA using Aci I is a highly sensitive and specific method for detecting the BAX G(-248)A SNP in CLL.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».