Who is Oxyrrhis marina? Morphological and phylogenetic studies on an unusual dinoflagellate
Notice bibliographique
Résumé
Oxyrrhis marina is an extensively studied morphospecies and a common protist model used to examine a range of ecological processes. Further, as a result of a number of unusual cytological and genetic features, Oxyrrhis is increasingly a target for the study of evolutionary patterns and genome organization within the Alveolata. However, a small number of early morphological studies and recent phylogenetic data suggest that O. marina represents more than one species. As different research groups employ different O. marina isolates (which are potentially highly divergent strains or different species), the context in which comparisons between isolates can be made is difficult to assess. In this paper, we explore the literature that has contributed to the definition of O. marina, highlighting the unusual characteristics possessed by O. marina that have motivated much of the study on this organism and informed its key phylogenetic position. In addition, we assess historical and contemporary evidence for multiple Oxyrrhis species. Based on this assessment, in particular recent molecular genetic data, we assert that O. marina represents two species: O. marina and O. maritima. Based on historical observations, we also indicate that a third species (O. tenticulifera) may occur, although there are no contemporary data to support or refute this designation. Extensive cryptic diversity has important implications for researchers studying Oxyrrhis: caution must be exercised in characterizing Oxyrrhis isolates for experimental study (i.e. it is inappropriate to report assessments concerning poorly characterized isolates), and comparative studies of multiple isolates are required to assess individual, population and species level variation in the genus. Finally, in a broader context, the ecological and evolutionary processes driving diversity in free-living protists remains poorly understood. Model protists such as O. marina and O. maritima for which we are beginning to recognize and characterize an extensive pool of variation present ideal opportunities to unravel these fundamental processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».