Prevalence and impact of Streptococcus pneumoniae in adult cystic fibrosis patients: a retrospective chart review and capsular serotyping study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Cystic fibrosis (CF) is a genetic disease characterized by complex polymicrobial communities within the lower respiratory tract. S. pneumoniae, while a well-defined pathogen in the general population, has rarely been identified in CF. Furthermore, prevalence studies on Pneumococcus in CF have predominantly focused on the infant and pediatric populations, and outcome data is lacking. METHODS: Through a review of our comprehensive clinical and microbiologic database from a single adult CF center in Canada from 1978-2013 we sought to determine the incidence, prevalence, serotype and clinical impact of Pneumococcus in adults with CF. RESULTS: Only fifteen of 318 adult CF patients (5%) were ever found to have transient Pneumococcus colonization, and none developed persistent infection although length of carriage varied. As all isolates were stored, capsular serotyping could be performed using a multiplex PCR panel. Capsular serotyping revealed a varied distribution of several serotypes within these isolates. Lung function testing at time of incident Pneumococcus isolation was compared with values before and after isolation and showed no significant reduction in spirometry values, nor was there an increased need for rescue antibacterial therapy. CONCLUSION: Within our center, incident Pneumococcus infection is neither common, associated with a disproportionate clinical deterioration nor results in chronic infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».