Vfm a new quorum sensing system controls the virulence of <i> <scp>D</scp> ickeya dadantii </i>
Notice bibliographique
Résumé
Dickeya dadantii is a plant pathogen that secretes cell wall-degrading enzymes (CWDE) that are responsible for soft-rot symptoms. Virulence genes are expressed in a concerted manner and culminate when bacterial multiplication slows. We identify a 25 kb vfm cluster required for D. dadantii CWDE production and pathogenesis. The vfm cluster encodes proteins displaying similarities both with enzymes involved in amino acid activation and with enzymes involved in fatty acid biosynthesis. These similarities suggest that the vfm genes direct the production of a metabolite. Cell-free supernatant from the D. dadantii wild-type strain restores CWDE production in vfm mutants. Collectively, our results indicate that vfm genes direct the synthesis of an extracellular signal and constitute a new quorum sensing system. Perception of the signal is achieved by the two-component system VfmH-VfmI, which activates the expression of the vfmE gene encoding an AraC regulator. VfmE then activates both the transcription of the CWDE genes and the expression of the vfm operons. The vfm gene cluster does not seem to be widespread among bacterial species but is conserved in other Dickeya species and could have been laterally transferred to Rahnella. This work highlights that entirely new families of bacterial languages remain to be discovered.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».