High bicarbonate assimilation in the dark by Arctic bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Although both autotrophic and heterotrophic microorganisms incorporate CO₂ in the dark through different metabolic pathways, this process has usually been disregarded in oxic marine environments. We studied the significance and mediators of dark bicarbonate assimilation in dilution cultures inoculated with winter Arctic seawater. At stationary phase, bicarbonate incorporation rates were high (0.5-2.5 μg C L⁻¹ d⁻¹) and correlated with rates of bacterial heterotrophic production, suggesting that most of the incorporation was due to heterotrophs. Accordingly, very few typically chemoautotrophic bacteria were detected by 16S rRNA gene cloning. The genetic analysis of the biotin carboxylase gene accC putatively involved in archaeal CO₂ fixation did not yield any archaeal sequence, but amplified a variety of bacterial carboxylases involved in fatty acids biosynthesis, anaplerotic pathways and leucine catabolism. Gammaproteobacteria dominated the seawater cultures (40-70% of cell counts), followed by Betaproteobacteria and Flavobacteria as shown by catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization (CARDFISH). Both Beta- and Gammaproteobacteria were active in leucine and bicarbonate uptake, while Flavobacteria did not take up bicarbonate, as measured by microautoradiography combined with CARDFISH. Within Gammaproteobacteria, Pseudoalteromonas-Colwellia and Oleispira were very active in bicarbonate uptake (ca. 30 and 70% of active cells, respectively), while the group Arctic96B-16 did not take up bicarbonate. Our results suggest that, potentially, the incorporation of CO₂ can be relevant for the metabolism of specific Arctic heterotrophic phylotypes, promoting the maintenance of their cell activity and/or longer survival under resource depleted conditions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».