Molecular and biochemical detection of fengycin- and bacillomycin D-producing <i>Bacillus</i> spp., antagonistic to fungal pathogens of canola and wheat
Notice bibliographique
Résumé
Bacillus species are well known for their ability to control plant diseases through various mechanisms, including the production of secondary metabolites. Bacillus subtilis DFH08, an antagonist of Fusarium graminearum, and other Bacillus spp. that are antagonists of common fungal pathogens of canola were screened for peptide synthetase biosynthetic genes of fengycin and bacillomycin D. Specific polymerase chain reaction (PCR) primers identified B. subtilis strains DFH08 and 49 for the presence of the fenD gene of the fengycin operon. Bacillus cereus DFE4, Bacillus amyloliquefaciens strains DFE16 and BS6, and B. subtilis 49 were identified for the presence of the bamC gene of the bacillomycin D synthetase biosynthetic operon. Both fengycin and bacillomycin D were detected in the culture extract of strain Bs49, characterized through MALDI-TOF-MS (matrix-assisted laser desorption ionization - time of flight - mass spectrometry), and their antifungal activities demonstrated against F. graminearum and Sclerotinia sclerotiorum. This study designed and used specific PCR primers for the detection of potential fengycin- and bacillomycin D-producing bacterial antagonists and confirmed the molecular detection with the biochemical detection of the corresponding antibiotic produced. This is also the first report of a B. cereus strain (DFE4) to have bacillomycin D biosynthetic genes. Bacteria that synthesize these lipopeptides could act as natural genetic sources for genetic engineering of the peptide synthetases for production of novel peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».