Potentially Prognostic miRNAs in HPV-Associated Oropharyngeal Carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Deregulation of miRNAs is associated with almost all human malignancies. Human papillomavirus (HPV)-associated oropharyngeal carcinoma (OPC) has a significantly more favorable outcome compared with HPV-negative OPCs; however, the underlying mechanisms are not well understood. Hence, the objectives of this study were to determine whether miRNA expression differed as a function of HPV status and to assess whether such miRNAs provide prognostic value beyond HPV status. METHODS: Global miRNA profilings were conducted on 88 formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) OPC biopsies (p16-positive: 56; p16-negative: 32), wherein the expression levels of 365 miRNAs plus 3 endogenous controls were simultaneously measured using quantitative real-time (qRT)-PCR. Seven FFPE specimens of histologically normal tonsils were used as controls. RESULTS: Overall, 224 miRNAs were expressed in more than 80% of the investigated samples, with 128 (57%) being significantly differentially expressed between tumor versus normal tissues (P < 0.05). Upregulated miR-20b, miR-9, and miR-9* were significantly associated with HPV/p16-status. Three miRNA sets were significantly associated with overall survival (miR-107, miR-151, miR-492; P = 0.0002), disease-free survival (miR-20b, miR-107, miR-151, miR-182, miR-361; P = 0.0001), and distant metastasis (miR-151, miR-152, miR-324-5p, miR-361, miR492; P = 0.0087), which retained significance even after adjusting for p16 status. The associated biologic functions of these miRNAs include immune surveillance, treatment resistance, invasion, and metastasis. CONCLUSION: We have identified several miRNAs, which associate with HPV status in OPC; furthermore, three candidate prognostic sets of miRNAs seem to correlate with clinical outcome, independent of p16 status. Furthermore, evaluations will offer biologic insights into the mechanisms underlying the differences between HPV-positive versus HPV-negative OPC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».