Analyses of microbial activity in biomass-recycle reactors using denaturing gradient gel electrophoresis of 16S rDNA and 16S rRNA PCR products
Notice bibliographique
Résumé
The relationship between mixed microbial community structure and physiology when grown under substrate-limited conditions was investigated using continuous-flow bioreactors with 100% biomass recycle. Community structure was analyzed by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the PCR and RT-PCR amplified V3 region of 16S rDNA and 16S rRNA templates, respectively. Comparisons were made of communities exposed to different types of transient conditions (e.g., long- and short-term starvation, increasing nutrients). With progressively more stringent substrate limitation over time, the specific content of community RNA declined by more than 10-fold and closely followed the decline in specific growth rate. In contrast, the DNA content was variable (up to 3-fold differences) and did not follow the same trend. Cluster analysis of the presence or absence of individual bands indicated that the fingerprints generated by the two templates were different, and community response was first observed in the rRNA fraction. However, both the rDNA and rRNA fingerprints provided a picture of temporal population dynamics. Dice similarity coefficients gave a quantitative measure of the differences and changes between the communities. In comparison, standard cultivation techniques yielded only a quarter of the phylotypes detected by DGGE, but included the most dominant population based on rRNA. Nucleotide-sequence analyses of the almost complete 16S rRNA genes of these isolates place them in the same group of organisms that is typically cultivated from environmental samples: alpha, beta, and gamma Proteobacteria and the high GC and the low GC Gram-positive divisions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».