Cloning and Analysis of Fusarium Wilt Resistance Gene Analogs in ‘Goldfinger’ Banana
Notice bibliographique
Résumé
Based on the conservative regions of the nucleotide-binding site and the leucine-rich repeat (NBS-LRR) in cloned wilt resistance genes, the polymerase chain reaction with degenerate primers was employed to isolate resistance gene analogues (RGAs) from the genomic DNA of wilt resistance germplasm ‘Goldfinger’ (AAAB) banana. As a result, twenty fragments of RGAs were isolated, which were of expected size (about 530 bp). Analysis of the deduced amino acids of these RGAs show that they share the NB-ARC domain and belong to the non-TIR-NBS class resistance gene candidates, containing 4 conservative amino acid domains, i.e. P-loop (GMGGVGKTT), Kinase-2 (LLVLDDIW), RNBS-B (CKVLFTTRS), and hydrophobic amino acids GLPL (GLPLALKVL). Other results reveal that sequence identity among the 20 RGAs rang from 41.1% to 99.3%, while identity of the deduced amino acid sequences range from 33.2% to 96.3%. The phylogenetic analysis of the RGA nucleotide sequences and the deduced amino acids showed that the 20 sequences could be divided into 5 distinct types. All of the amino acids deduced from the RGAs share a homology of 28%~54% with those deduced from the known wilt resistance genes such as Fom-2, I2C-1, I2C-2 and I2. This result to some degree indicates the conservation of disease resistance gene evolution. Technically, these RGAs isolated in the present study would lay a base for the further cloning of wilt resistance genes in banana, which could also be used as molecular markers for screening candidate wilt resistance genes in banana.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».