Genetic diversity of maize kernel starch-synthesis genes with SNAPs
Notice bibliographique
Résumé
Measuring genetic diversity in populations of a crop species is very important for understanding the genetic structure of and subsequently improving the crop species by genetic manipulation. Single-nucleotide amplified polymorphisms (SNAPs) among and within maize populations of waxy, dent, and sweet corns at 25 single-nucleotide polymorphism (SNP) sites in 6 kernel starch-synthesis genes (sh2, bt2, su1, ae1, wx1, and sh1) were determined. Because of the intensive selection of some favorable alleles in starch-synthesis genes during the breeding process, and the resultant strong linkage disequilibrium (LD), the number of haplotypes in each population was far less than expected. Subsequent phenetic clustering analysis with the SNAPs indicated that the dent, waxy, and sweet corns formed distinct subclusters, except in a few incidences. LD was surveyed among SNAPs of intragenic, intergenic, and intrachromosomal SNPs in whole and subpopulations, which revealed that some SNAPs showed high LD with many other SNAPs, but some SNAPs showed low or no significant LD with others, depending on the subpopulation, indicating that these starch genes have undergone different selection in each subpopulation during the breeding process. Because the starch synthesis genes used in this study are important in maize breeding, the genetic diversity, LD, and accessions having rare SNAP alleles might be valuable in maize improvement programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».