The Dimer Interface of Agrobacterium tumefaciens VirB8 Is Important for Type IV Secretion System Function, Stability, and Association of VirB2 with the Core Complex
Notice bibliographique
Résumé
Type IV secretion systems are virulence factors used by many gram-negative bacteria to translocate macromolecules across the cell envelope. VirB8 is an essential inner membrane component of type IV secretion systems, and it is believed to form a homodimer. In the absence of VirB8, the levels of several other VirB proteins were reduced (VirB1, VirB3, VirB4, VirB5, VirB6, VirB7, and VirB11) in Agrobacterium tumefaciens, underlining its importance for complex stability. To assess the importance of dimerization, we changed residues at the predicted dimer interface (V97, A100, Q93, and E94) in order to strengthen or to abolish dimerization. We verified the impact of the changes on dimerization in vitro with purified V97 variants, followed by analysis of the in vivo consequences in a complemented virB8 deletion strain. Dimer formation was observed in vivo after the introduction of a cysteine residue at the predicted interface (V97C), and this variant supported DNA transfer, but the formation of elongated T pili was not detected by the standard pilus isolation technique. Variants with changes at V97 and A100 that weaken dimerization did not support type IV secretion system functions. The T-pilus component VirB2 cofractionated with high-molecular-mass core protein complexes extracted from the membranes, and the presence of VirB8 as well as its dimer interface were important for this association. We conclude that the VirB8 dimer interface is required for T4SS function, for the stabilization of many VirB proteins, and for targeting of VirB2 to the T-pilus assembly site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».