Trans‐species shared polymorphisms at orthologous nuclear gene loci among distant species in the conifer <i>Picea</i> (Pinaceae): implications for the long‐term maintenance of genetic diversity in trees
Notice bibliographique
Résumé
For each of three nuclear gene loci, intraspecific- as well as trans-specific shared polymorphisms were detected in DNA among three distantly related species in the genus Picea. Few fixed interspecific polymorphisms were observed. Allele genealogies did not match species phylogenies, and species lineages were not reciprocally monophyletic. Based on molecular clocks and morphological evidence from the fossil record, the divergence time between species was estimated at 13-20 million years (my), and a mutation rate of 2.23 × 10(-10) to 3.42 × 10(-10) per site per year was estimated. Large historical population sizes in excess of 100 000 were inferred, which would have delayed the fixation of polymorphisms. These numbers translated into allele coalescence times in the order of 10 to 18 my, which implies the sharing of polymorphisms since common ancestry. These results suggest that trans-species shared polymorphisms might be frequent at plant nuclear gene loci, leading to high allelic diversity. Such a trend is more likely in trees and plants characterized by ecological and life-history determinants favoring large population sizes such as an outcrossing mating system, wind pollination, and a dominant position in ecosystem. These polymorphisms also call for caution in estimating congeneric species phylogenies from nuclear gene sequences in such plant groups.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».