Comparative Analysis of Sequences Preceding Protein-Coding Mitochondrial Genes in Flowering Plants
Notice bibliographique
Résumé
We examined the nucleotide sequences preceding 23 mitochondrial protein-coding genes held in common by maize, rice, wheat, sugar beet, tobacco, Arabidopsis, and Brassica to look for features related to translation initiation and to assess the degree of conservation in mitochondrial mRNA leaders among these plants. We observed broad variation in sequence similarity as illustrated by dot plot analysis, ranging from a level rivaling that of coding sequences to complete absence of homology due to lineage-specific DNA rearrangements. Genes encoding ATP synthase subunits predominated in the latter category, whereas ones encoding cytochrome c biogenesis proteins and NADH dehydrogenase subunits were primarily of the highly conserved type. Within the region immediately preceding initiation codons, in most cases we did not observe motifs consistent with a bacterial-type Shine-Dalgarno interaction to assist in ribosome binding, nor was any other consensus sequence evident. In fact, indels in the form of tandem repeats were seen among homologues from different plants. We did, however, observe a bias for high adenosine and low cytosine in the proximal approximately 30 nt compared with further upstream. Duplicates of some sequences in our data set were found to be associated with more than one gene within a genome. Indeed, 3 such families of upstream cassettes were identified, and they exhibit a lineage-specific distribution among plants. Moreover, the presence of related sequences at genomic sites distant from known genes raises the possibility of future recruitment as regulatory elements. Our observations point to a dynamic nature in the makeup of the 5' leaders of plant mitochondrial mRNAs and an apparent plasticity in translational control elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».