Genetic structure of <i>Quercus gilva</i> Blume in Japan as revealed by chloroplast DNA sequences
Notice bibliographique
Résumé
Quercus gilva (Blume) is an evergreen oak species that is native to Japan, China, and Taiwan. Because of a long history of human impact, this species is threatened with extinction in several regions of Japan. The objective of this study was to identify the genetic structure of Q. gilva based on chloroplast DNA (cpDNA) sequencing analysis. We collected 123 samples from 25 populations in Japan, 8 samples from 1 population in China, and 46 samples from 5 populations in Taiwan. Approximately 1815 bp of cpDNA was sequenced for each of the 177 samples. Thirteen haplotypes were detected, with no cross-region distribution of haplotypes among the three geographically separated countries. There were large genetic differences among populations (GST = 0.824, [Formula: see text] = 0.937). Six haplotypes (haplotypes 1, 2, 3, 4a, 4b, and 5) were detected in Japan; haplotype 4a was the most common, detected from 20 populations, and the other rare haplotypes, except for haplotype 4b, occurred at the edge of the species’ distribution. In addition, four haplotypes (haplotypes 1, 2, 3, and 5) were quite different from the predominant haplotype (haplotype 4a), with more than four cpDNA mutations except for a mononucleotide repeat, suggesting that populations with these rare haplotypes should be conserved separately.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».