Modeling of the bacterial luciferase‐flavin mononucleotide complex combining flexible docking with structure‐activity data
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Although the crystal structure of Vibrio harveyi luciferase has been elucidated, the binding sites for the flavin mononucleotide and fatty aldehyde substrates are still unknown. The determined location of the phosphate-binding site close to Arg 107 on the alpha subunit of luciferase is supported here by point mutagenesis. This information, together with previous structure-activity data for the length of the linker connecting the phosphate group to the isoalloxazine ring represent important characteristics of the luciferase-bound conformation of the flavin mononucleotide. A model of the luciferase-flavin complex is developed here using flexible docking supplemented by these structural constraints. The location of the phosphate moiety was used as the anchor in a flexible docking procedure performed by conformation search by using the Monte Carlo minimization approach. The resulting databases of energy-ranked feasible conformations of the luciferase complexes with flavin mononucleotide, omega-phosphopentylflavin, omega-phosphobutylflavin, and omega-phosphopropylflavin were filtered according to the structure-activity profile of these analogs. A unique model was sought not only on energetic criteria but also on the geometric requirement that the isoalloxazine ring of the active flavin analogs must assume a common orientation in the luciferase-binding site, an orientation that is also inaccessible to the inactive flavin analog. The resulting model of the bacterial luciferase-flavin mononucleotide complex is consistent with the experimental data available in the literature. Specifically, the isoalloxazine ring of the flavin mononucleotide interacts with the Ala 74-Ala 75 cis-peptide bond as well as with the Cys 106 side chain in the alpha subunit of luciferase. The model of the binary complex reveals a distinct cavity suitable for aldehyde binding adjacent to the isoalloxazine ring and flanked by other key residues (His 44 and Trp 250) implicated in the active site.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle