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Enregistrement W2106305501 · doi:10.2337/db13-0949

Impact of Type 2 Diabetes Susceptibility Variants on Quantitative Glycemic Traits Reveals Mechanistic Heterogeneity

2013· review· en· W2106305501 sur OpenAlexaff
Antigone S. Dimas, Vasiliki Lagou, Adam Barker, Joshua W. Knowles, Reedik Mägi, Marie‐France Hivert, Andrea Benazzo, Denis Rybin, Anne Jackson, Heather M. Stringham, Ci Song, Antje Fischer‐Rosinsky, Trine Welløv Boesgaard, Niels Grarup, Fahim Abbasi, Themistocles L. Assimes, Ke Hao, Xia Yang, Cécile Lecœur, Inês Barroso, Lori L. Bonnycastle, Yvonne Böttcher, Suzannah Bumpstead, Peter S. Chines, Michael R. Erdos, J. Graessler, Péter Kovács, Mario A. Morken, Narisu Narisu, Felicity Payne, Alena Stančáková, Amy J. Swift, Anke Tönjes, Stefan R. Bornstein, Stéphane Cauchi, Philippe Froguel, David Meyre, Peter E. H. Schwarz, Hans‐Ulrich Häring, Ulf Smith, Michael Boehnke, Richard N. Bergman, Francis S. Collins, Karen L. Mohlke, Jaakko Tuomilehto, Thomas Quertemous, Lars Lind, Torben Hansen, Oluf Pedersen, Mark Walker, Andreas Pfeiffer, Joachim Spranger, Michael Stümvoll, James B. Meigs, Nicholas J. Wareham, Johanna Kuusisto, Markku Laakso, Claudia Langenberg, Josée Dupuis, Richard M. Watanabe, José C. Florez, Erik Ingelsson, Mark I. McCarthy, Inga Prokopenko

Notice bibliographique

RevueDiabetes · 2013
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDiabetes and associated disorders
Établissements canadiensMcMaster UniversityUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthNovo Nordisk FondenNational Center for Research ResourcesMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchWellcome Trust
Mots-clésType 2 diabetesGlycemicGenetic heterogeneityGeneticsBiologyDiabetes mellitusMedicineBioinformaticsPhenotypeEndocrinologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Patients with established type 2 diabetes display both β-cell dysfunction and insulin resistance. To define fundamental processes leading to the diabetic state, we examined the relationship between type 2 diabetes risk variants at 37 established susceptibility loci, and indices of proinsulin processing, insulin secretion, and insulin sensitivity. We included data from up to 58,614 nondiabetic subjects with basal measures and 17,327 with dynamic measures. We used additive genetic models with adjustment for sex, age, and BMI, followed by fixed-effects, inverse-variance meta-analyses. Cluster analyses grouped risk loci into five major categories based on their relationship to these continuous glycemic phenotypes. The first cluster (PPARG, KLF14, IRS1, GCKR) was characterized by primary effects on insulin sensitivity. The second cluster (MTNR1B, GCK) featured risk alleles associated with reduced insulin secretion and fasting hyperglycemia. ARAP1 constituted a third cluster characterized by defects in insulin processing. A fourth cluster (TCF7L2, SLC30A8, HHEX/IDE, CDKAL1, CDKN2A/2B) was defined by loci influencing insulin processing and secretion without a detectable change in fasting glucose levels. The final group contained 20 risk loci with no clear-cut associations to continuous glycemic traits. By assembling extensive data on continuous glycemic traits, we have exposed the diverse mechanisms whereby type 2 diabetes risk variants impact disease predisposition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,018

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,333
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations382
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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