Changes in the faecal microbiota of mares precede the development of <i>post partum</i> colic
Notice bibliographique
Résumé
REASONS FOR PERFORMING STUDY: Disruptions in the gastrointestinal microbiota may trigger development of post partum colic. OBJECTIVES: To determine the effects of the periparturient period on the faecal microbiome and identify associations between the faecal microbiota and post partum colic. STUDY DESIGN: Longitudinal case-control study. METHODS: Pre- and post partum faecal samples were collected from mares on 3 farms in central Kentucky. Next generation sequencing of the V4 region of the 16S rRNA gene was performed on samples from 13 mares that developed colic, 13 mares that did not display colic and 5 nonpregnant controls. RESULTS: There were 4,523,727 sequences from 85 samples evaluated (mean ± s.d. 53,220 ± 29,160, range 8442-122,535). Twenty-five phyla were identified, although only Firmicutes, Verrucomicrobia, Actinobacteria and Proteobacteria were present at a relative abundance of 1% or greater. The faecal microbiota of late-term mares differed from nonpregnant mares, with differences in microbial community membership and structure but not the relative abundance of major phyla. There was limited impact of foaling and the post partum period on the faecal microbiome. Faecal samples obtained from mares prior to episodes of colic had significantly higher relative abundance of Proteobacteria (8.2%, P = 0.0006) compared with samples from mares that did not display colic (3.7%). All samples with a relative abundance of Firmicutes of ≤50% preceded colic, as did 6/7 (86%) samples with >4% Proteobacteria. Differences in microbiota membership and structure were also present between mares that developed large colon volvulus and matched controls that did not have colic. Sixty-one indicator operational taxon units were identified for the control (vs. volvulus) samples, and these were dominated by Lachnospiraceae (n = 38) and Ruminococcaceae (n = 8). CONCLUSIONS: Foaling had minimal effects on the mares' faecal microbiota. Numerous differences in the faecal microbiota preceded colic. Associations between Firmicutes (particularly Lachnospiraceae and Ruminococcaceae) and Proteobacteria and development of colic could lead to measures to predict and prevent colic. The Summary is available in Chinese - see Supporting information.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».