Molecular characteristics of pbp1a and pbp2b in clinical Streptococcus pneumoniae isolates in Quebec, Canada
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To investigate the nature of the amino acid motifs found in penicillin-binding protein (PBP) 2b and PBP1a of penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae isolates across Quebec (Canada), and to obtain preliminary information regarding the prevalence of these alterations. METHODS: DNA sequences of pbp2b (codons 210-675) and pbp1a (codons 310-682) transpeptidase domains were determined and compared in 48 clinical isolates comprising 17 penicillin-susceptible (PSSP), 19 penicillin-intermediate (PISP) and 12 penicillin-resistant (PRSP) pneumococci. RESULTS: The degree of diversity within PBP1a and PBP2b correlated with increased resistance to beta-lactam antibiotics. There were an average of 0.6 +/- 0.4 and 2.9 +/- 0.2 mutations in PSSP, 16.8 +/- 1.4 and 36.3 +/- 5.2 in PISP, and 18.7 +/- 2.5 and 51.4 +/- 1.3 in PRSP isolates compared with control penicillin-susceptible R6-PBP2b and R6-PBP1a sequences, respectively. At least seven PBP2b and six PBP1a distinct amino acid profiles were identified among intermediate or resistant strains isolated in Quebec. The pattern of distribution of the PBPs' altered amino acids differs from that of other countries, with pneumococci isolates from Quebec showing a unique genetic signature. CONCLUSION: This study will serve as a basis for future monitoring of genetic changes associated with the emergence and spread of beta-lactam resistance in Quebec, Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».