Outer‐membrane siderophore receptors of heterotrophic oceanic bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Pathogenic gram‐negative bacteria use specific receptors to transport ferric siderophore complexes across their outer membrane during iron (Fe)‐limited growth. Receptors such as these have not yet been characterized in oceanic heterotrophic bacteria. We examined four species of γ‐proteobacteria for the presence of Fe‐siderophore receptors with the use of a nondenaturing polyacrylamide gel electrophoresis binding assay and the siderophore ferrioxamine B (FB) labeled with 55Fe. Small‐subunit rRNA sequence analysis assigned these bacteria to the genera Pseudoalteromonas and Alteromonas. Two oceanic species, Pseudoalteromonas haloplanktis (Neptune) and Alteromonas macleodii (Jul88), which were shown previously to transport and assimilate Fe bound to FB during growth, synthesized an outer‐membrane FB receptor under Fe‐limiting conditions. Only low concentrations of the receptors were detected in these bacteria when they were grown with high concentrations of Fe. The FB receptor of P. haloplanktis (Neptune) had an apparent molecular mass of 79 kDa and an externally oriented binding site. The molecular mass of the receptor of A. macleodii (Jul88) was 100 kDa. No FB receptors were detected by our methods in two coastal species, Pseudoalteromonas rubra (LMG1) and Pseudoalteromonas piscicida (PWF3). P. haloplanktis (Neptune) and A. macleodii (Jul88) also bound 55Fe‐ferrichrome, a trihydroxamate siderophore like FB. Binding assays conducted with 115 nmol L−1 55Fe‐FB in the presence of increasing concentrations of desferrioxamine B showed a progressive decrease in the amount of 55Fe‐FB bound by the receptor protein, suggesting strong affinity of the receptor for the Fe‐free siderophore. Our results provide the first demonstration of Fe‐siderophore receptors in oceanic heterotrophic bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».