The influence of gene-environment interactions on GHR and IGF-1 expression and their association with growth in brook charr, Salvelinus fontinalis (Mitchill)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Quantitative reaction norm theory proposes that genotype-by-environment interaction (GxE) results from inter-individual differences of expression in adaptive suites of genes in distinct environments. However, environmental norms for actual gene suites are poorly documented. In this study, we investigated the effects of GxE interactions on levels of gene transcription and growth by documenting the impact of rearing environment (freshwater vs. saltwater), sex and genotypic (low vs. high estimated breeding value EBV) effects on the transcription level of insulin-like growth factor (IGF-1) and growth hormone receptor (GHR) in brook charr (Salvelinus fontinalis). RESULTS: Males grew faster than females (micro female symbol = 1.20 +/- 0.07 g.d-1, micro male symbol = 1.46 +/- 0.06 g.d-1) and high-EBV fish faster than low-EBV fish (microLOW = 0.97 +/- 0.05 g.d-1, muHIGH = 1.58 +/- 0.07 g.d-1; p < 0.05). However, growth was markedly lower in saltwater-reared fish than freshwater sibs (microFW = 1.52 +/- 0.07 g.d-1, microSW = 1.15 +/- 0.06 g.d-1), yet GHR mRNA transcription level was significantly higher in saltwater than in freshwater (microSW = 0.85 +/- 0.05, microFW = 0.61 +/- 0.05). The ratio of actual growth to units in assayed mRNA ('individual transcript efficiency', iTE; g.d-1.u-1) also differed among EBV groups (microLOW = 2.0 +/- 0.24 g.d-1.u-1; microHIGH = 3.7 +/- 0.24 g.d-1.u-1) and environments (microSW = 2.0 +/- 0.25 g.d-1.u-1; microFW = 3.7 +/- 0.25 g.d-1.u-1) for GHR. Males had a lower iTE for GHR than females (micro male symbol = 2.4 +/- 0.29 g.d-1.u-1; micro female symbol = 3.1 +/- 0.23 g.d-1.u-1). There was no difference in IGF-1 transcription level between environments (p > 0.7) or EBV groups (p > 0.15) but the level of IGF-1 was four times higher in males than females (micro male symbol = 2.4 +/- 0.11, micro female symbol = 0.58 +/- 0.09; p < 0.0001). We detected significant sexual differences in iTE (micro male symbol = 1.3 +/- 0.59 g.d-1.u-1; micro female symbol = 3.9 +/- 0.47 g.d-1.u-1), salinities (microSW = 2.3 +/- 0.52 g.d-1.u-1; microFW = 3.7 +/- 0.53 g.d-1.u-1) and EBV-groups (microLOW = 2.4 +/- 0.49 g.d-1.u-1; microHIGH = 3.8 +/- 0.49 g.d-1.u-1). Interaction between EBV-group and environment was detected for both GHR (p = 0.027) and IGF-1 (p = 0.019), and for iTE in the two genes (p < 0.0001; p < 0.05, respectively), where increased divergence in levels of GHR and IGF-1 transcription occurred among EBV-groups in the saltwater environment. CONCLUSION: Our results show that both environment and sex have major impacts on the expression of mRNA for two key genes involved in the physiological pathway for growth. We also demonstrate for the first time, at least in fish, genotype-by-environment interaction at the level of individual gene transcription. This work contributes significantly to ongoing efforts towards documenting environmentally and sexually induced variance of gene activity and understanding the resulting phenotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».