Quantifying spatial phylogenetic structures of fully stem‐mapped plant communities
Notice bibliographique
Résumé
Summary Analysis of the phylogenetic similarity of co‐occurring species at different spatial scales is increasingly used for decoding community assembly rules. Here, we integrated the analysis of phylobetadiversity and marked point pattern analysis to yield a new metric, the phylogenetic mark correlation function, kd(r), to quantify spatial phylogenetic structure of fully stem‐mapped communities. kd(r) is defined as the expected phylogenetic distance of two heterospecifics separated by spatial distance r, and normalized with the expected phylogenetic distance of two heterospecifics taken randomly from a study area. It measures spatial phylogenetic turnover relative to spatial species turnover and is closely related with the spatially explicit Simpson index. We used simulated fully stem‐mapped plant communities with known spatial phylogenetic structures to assess type I and II errors of the phylogenetic mark correlation function kd(r) under a null model of random phylogenetic spatial structure, and to test the ability of the kd(r) to detect scale‐dependent signals of phylogenetic spatial structure. We also compared the performance of the kd(r) with two existing measures of phylobetadiversity that have been previously used to analyse fully stem‐mapped plots. Finally, we explored the spatial phylogenetic structure of a 24‐ha fully stem‐mapped subtropical forest in China. Simulation tests showed that the new metric yielded correct type I and type II errors and accurately detected the spatial scales at which various processes (e.g. habitat filtering and competition) were invoked to generate spatial phylogenetic structures. The power of the kd(r) was not affected by a phylogenetic signal in species abundance and different topologies of the phylogenetic tree. Replacing phylogenetic distance by functional distance allows for application of the kd(r) to estimate spatial correlations in functional community structure. Thus, the kd(r) allows trait and phylogenetic structure to be analysed in the same framework. The phylogenetic mark correlation function is a powerful and accurate tool for revealing scale‐dependent phylogenetic/functional footprints in community assemblages and allows ecologists to keep up with the increasingly available data of fully stem‐mapped plots, functional traits and community phylogenies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».