Mapping of putative virulence motifs on infectious salmon anemia virus surface glycoprotein genes
Notice bibliographique
Résumé
Infectious salmon anemia virus (ISAV) is classified in the genus Isavirus of the family Orthomyxoviridae. Although virulence variation of ISAV can be demonstrated experimentally in fish, virus strain identification is ambiguous because the correlates of pathogenicity and/or antigenicity of ISAV are not well defined. Thirteen ISAV isolates characterized for their ability to kill fish were used to search for markers of virulence on the virus surface glycoprotein genes; haemagglutinin-esterase (HE) and fusion (F) protein genes. A single amino acid change N164D in the putative globular head of the HE protein, and a deletion/insertion of ≤13 aa with the presence of a specific motif 352FNT354 in the highly polymorphic region spanning residues 337V to M372 in the HE protein stalk, in combination with a specific motif 265YP266 very close to the trypsin-cleavage site 267RA/G268 of the precursor F0 protein were correlated with reduced cytopathogenicity and reduced virulence for Atlantic salmon. Phylogenetic analysis suggests that the original ancestral ISAV was virulent. The virulence of the North American genotype has not changed much, whereas the European genotype evolved into two genogroups, the real-European genogroup that is still virulent and the European-in-North America genogroup, which is of lower virulence. A novel phylogenetic software program, backtrack, estimated that the North American and European genotypes diverged between 1879 and 1891, whereas the European-in-North America genogroup diverged from the real-European genogroup between 1976 and 1988. This direction of evolution supports insertion of specific motifs in the HE protein, resulting in ISAV attenuation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».