MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2107391428 · doi:10.3762/bjoc.8.130

Design of a novel tryptophan-rich membrane-active antimicrobial peptide from the membrane-proximal region of the HIV glycoprotein, gp41

2012· article· en· W2107391428 sur OpenAlexafffund
Leonard T. Nguyen, David Schibli, Hans J. Vogel

Notice bibliographique

RevueBeilstein Journal of Organic Chemistry · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAntimicrobial Peptides and Activities
Établissements canadiensOntario GenomicsUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchAlberta InnovatesUniversity of Calgary
Mots-clésPeptideChemistryAntimicrobialAntimicrobial peptidesGp41MembraneBiochemistryGlycoproteinTryptophanResidue (chemistry)BiophysicsAmino acidBiologyImmunologyEpitopeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A number of physicochemical characteristics have been described which contribute to the biological activity of antimicrobial peptides. This information was used to design a novel antimicrobial peptide sequence by using an intrinsically inactive membrane-associated peptide derived from the HIV glycoprotein, gp41, as a starting scaffold. This peptide corresponds to the tryptophan-rich membrane-proximal region of gp41, which is known to interact at the interfacial region of the viral membrane and adopts a helical structure in the presence of lipids. Three synthetic peptides were designed to increase the net positive charge and amphipathicity of this 19-residue peptide. Ultimately, the peptide with the greatest degree of amphipathicity and largest positive charge proved to be the most potent antimicrobial, and this peptide could be further modified to improve the antimicrobial activity. However, the other two peptides were relatively ineffective antimicrobials and instead proved to be extremely hemolytic. This work demonstrates a novel approach for the design of unexplored antimicrobial peptide sequences but it also reveals that the biological and cytotoxic activities of these polypeptides depend on a number of interrelated factors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,830

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,211
Écart entre enseignants0,193 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueBeilstein Journal of Organic ChemistryMême sujetAntimicrobial Peptides and ActivitiesTravaux en français237 207