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Enregistrement W2107440860 · doi:10.1016/j.str.2013.05.001

Crystal Structures of Malonyl-Coenzyme A Decarboxylase Provide Insights into Its Catalytic Mechanism and Disease-Causing Mutations

2013· article· en· W2107440860 sur OpenAlexfundno aff
D. Sean Froese, F. Forouhar, Timothy H. Tran, M. Vollmar, Yi Seul Kim, Scott Lew, H. Neely, J. Seetharaman, Yang Shen, Rong Xiao, Thomas Acton, J.K. Everett, Giuseppe Cannone, Sriharsha Puranik, P. Savitsky, T. Krojer, Ewa S. Pilka, W. Kiyani, Wen‐Hwa Lee, Brian D. Marsden, C.K. Allerston, Laura Spagnolo, O. Gileadi, G.T. Montelione, Udo Oppermann, Wyatt W. Yue, Liang Tong

Notice bibliographique

RevueStructure · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueEnzyme Structure and Function
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institutes of HealthKnut och Alice Wallenbergs StiftelseWellcome TrustNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesDiamond Light SourceCanadian Institutes of Health ResearchGenome Canada
Mots-clésRhodopseudomonas palustrisMutagenesisAcetyltransferaseBiochemistryTransferaseChemistryLyaseCoenzyme ADrug discoveryBiologyProtein structureAcyl carrier proteinCofactorPolyketideEnzymeStereochemistryMutationBiosynthesisGeneticsGeneBacteriaAcetylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Malonyl-coenzyme A decarboxylase (MCD) is found from bacteria to humans, has important roles in regulating fatty acid metabolism and food intake, and is an attractive target for drug discovery. We report here four crystal structures of MCD from human, Rhodopseudomonas palustris, Agrobacterium vitis, and Cupriavidus metallidurans at up to 2.3 Å resolution. The MCD monomer contains an N-terminal helical domain involved in oligomerization and a C-terminal catalytic domain. The four structures exhibit substantial differences in the organization of the helical domains and, consequently, the oligomeric states and intersubunit interfaces. Unexpectedly, the MCD catalytic domain is structurally homologous to those of the GCN5-related N-acetyltransferase superfamily, especially the curacin A polyketide synthase catalytic module, with a conserved His-Ser/Thr dyad important for catalysis. Our structures, along with mutagenesis and kinetic studies, provide a molecular basis for understanding pathogenic mutations and catalysis, as well as a template for structure-based drug design.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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