Insights into Sequence–Activity Relationships amongst Baeyer–Villiger Monooxygenases as Revealed by the Intragenomic Complement of Enzymes from <i>Rhodococcus jostii</i> RHA1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Rhodococcus jostii RHA1 genome encodes a number of enzymes that can be exploited as biocatalysts. Study of the substrate spectrum and enantioselectivity of Baeyer–Villiger monooxygenases from R. jostii allowed the identification of short amino acid sequences specific to groups displaying certain catalytic characteristics. The gel illustrates the substrate acceptance spectra and selectivities of the different proteins. magnified image Microbial genome sequences are providing a wealth of information on new enzymes that have considerable potential as biocatalysts. The recently sequenced genome of Rhodococcus jostii RHA1, for example, has revealed an impressive array of catabolic enzymes, including many putative Baeyer–Villiger monooxygenases (BVMOs). We have cloned 23 target BVMO sequences from the genome of R. jostii RHA1 and heterologously expressed 13 of these as soluble proteins to unearth new substrate specificities and selectivities. Whole‐cell biocatalysts expressing the genes were screened against seven different test substrates. Each of these catalysts displayed activity toward at least three ketones. We observed a remarkable diversity of both regio‐ and enantioselectivity among the BVMOs from R. jostii RHA1 for the transformation of two chiral substrates, with some enzymes displaying high enantioselectivity for the isomers of 2‐methylcyclopentanone. With the notable exception of the product of gene ro03437, named MO14, the biocatalysts' sequences correlated well with their respective activities and selectivities. This correlation allowed the identification of sequence motifs specific to subgroups of the BVMOs from R. jostii and other organisms. Overall, the data improve predictive models of BVMO activity from sequence and suggest new avenues to pursue in engineering these enzymes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».